În 1853, a izbucnit un conflict care a opus Rusiei o coaliție formată din Imperiul Otoman, Franța, Marea Britanie și Sardinia. Conflictul a devenit cunoscut sub numele de Războiul Crimeii, pentru că principalele operațiuni militare au fost purtate în Peninsula Crimeea și în Dobrogea. Rusia a fost înfrântă și a fost nevoită să retrocedeze, în 1856, Principatului Moldovei trei județe din sudul Basarabiei, ceea ce însemna că rușii pierdeau controlul gurilor Dunării.
Marile puteri europene s-au întrunit în Conferința de Pace de la Paris și au căutat o soluție pentru a preîntâmpina noi conflicte provocate de Rusia. Împăratul Franței, Napoleon al III-lea, a propus crearea unui stat-tampon, format din principatele Moldovei și Valahiei. Otomanii considerau aceste două principate drept provincii privilegiate ale Imperiului, însă, în fapt, ele se bucurau de o mare autonomie.
Soluția propusă de Napoleon al III-lea a stârnit opoziția altor mari puteri, precum Austria sau Imperiul Otoman, de aceea a fost găsită o soluție de compromis: cele două principate urmau să alcătuiască un fel de uniune, cu legi și cu unele instituții comune, dar conduse fiecare de câte un principe și fiecare cu parlamentul ei, intitulat adunare obștească.
În 5 ianuarie 1859, Alexandru Ioan Cuza a fost proclamant principe al Moldovei. 19 zile mai târziu, deputații din Principatul Valahiei, întruniți la București, căutau și ei un principe. Deputatul Vasile Boerescu a găsit o soluție ingenioasă: să îl aleagă principe tot pe Alexandru Ioan Cuza.
În şedinţa din 24 ianuarie 1859, deputatul Vasile Boerescu a propus candidatura lui Alexandru Ioan Cuza, care a fost votat în unanimitate, stârnind mânia Porţii Otomane și a Austriei, care au considerat alegerea drept o încălcare a Convenției de la Paris, însă în textul actului nu se prevedea ca domnii aleși în cele două Principate să fie persoane distincte.
Sub presiunea unei mase de 30.000 de oameni ieșiți pe străzile Bucureștiului, deputații au votat propunerea.
Alexandru Ioan Cuza a devenit domnitor al celor două principate, iar unirea lor a fost recunoscută de către marile puteri pe parcursul domniei sale.
Astfel, Unirea era înfăptuită peste voința marilor puteri.
Împăratul Napoleon al III-lea a făcut tot ce i-a stat în putință pentru a susține Unirea, iar, în cele din urmă, Alexandru Ioan Cuza a fost recunoscut drept principe de marile puteri, care însă au recunoscut Unirea doar pe durata domniei sale.
În anul 1862, cu ajutorul unioniștilor din cele două țări, Alexandru Ioan Cuza a unificat Parlamentul și Guvernul, realizând astfel unirea politică de facto.
În 1866, Alexandru Ioan I Cuza a fost îndepărtat de pe Tron. Unirea risca să fie dizolvată, însă tot Napoleon al III-lea a salvat România. El l-a propus drept principe domnitor pe nepotul său, Carol I, din dinastia germană de Hohenzollern-Sigmaringen. Nepotul lui Napoleon al III-lea a devenit unul dintre cei mai mari conducători din istoria României, iar împăratul francez a rămas în memoria românilor drept un fel de naș al României.
Alexandru Ioan Cuza, artizanul unirii de la 24 ianuarie 1859 se trăgea dintr-o veche familie de moldoveni, din părţile Fălciului, familie de cluceri, spătari, comişi, ispravnici. Mama sa, Sultana Cozadini, provenea dintr-o familie de origine greco-italiană din Constantinopol.
Cuza s-a născut la 20 martie 1820, la Bârlad. A învăţat până în 1831 la Iaşi, la pensionul condus de francezul Victor Cuenin, unde îi are colegi pe Mihail Kogălniceanu şi Vasile Alecsandri.
În anul 1835 îşi ia diploma de bacalaureat la Paris, apoi urmează studii universitare de drept şi medicină, pe care nu le finalizează, şi devine membru al Societăţii economiştilor de unde îşi va înainta demisia în 1840.
La 30 aprilie 1844 se căsătoreşte cu Elena Rosetti, fiica postelnicului Iordache Rosetti și a soției sale Ecaterina (Catinca) (fata logofătului Dumitrache Sturdza din Miclăușeni și sora boierilor cărturari Constantin Sturdza și Alexandru Sturdza) şi sora viitorului prim-ministru Theodor Rosetti.
În timpul Revoluţiei de la 1848, Cuza a fost în primele rânduri. A luat cuvântul la adunarea de la hotelul „Petersburg” din Iaşi, cerând înfăptuirea unor reforme democratice. Printre fruntaşii adunării arestaţi din ordinul domnitorului Mihai Sturza s-a aflat şi Cuza, însă acesta a reuşit să scape de sub pază şi să fugă în Transilvania.
A participat, de asemenea, la Marea Adunare de la Blaj de la 3/15 mai 1848, după care se retrage în Bucovina.
Ulterior devine preşedinte al judecătoriei Covurlui între 1849 – 1851 şi 1855 – 1856, director al Ministerului de Interne – în 1851, primind în această perioadă şi rangul de vornic.
La 6 iunie 1856 este numit pârcălab de Galaţi, însă imediat după decesul domnului Ghica este destituit de caimacamul Teodor Balş.
Ca formă de protest faţă de falsificarea alegerilor pentru adunările ad-hoc din Moldova, Cuza şi-a dat demisia din funcţia de pârcălab. Patriot cu idei liberale, nu radicale însă, Cuza a fost acceptat chiar şi de partizanii celor doi Sturza care candidau susţinuţi de conservatori. La 5 ianuarie 1859, el a fost ales cu unanimitatea voturilor deputaţilor prezenţi în Moldova.
Domnia lui Alexandru Ioan Cuza, deși scurtă (1859-1866), a fost perioada de maximă dezvoltare a României moderne. Prin recunoașterea Unirii depline, crearea primului Parlament unic al României şi a primului guvern unitar, prin reformele sale – adoptarea primei Constituții românești, reforma electorală, secularizarea averilor mănăstirești, reforma agrară, a învățământului -, domnia lui Alexandru Ioan Cuza a pus bazele dezvoltării moderne a României.
După domnie a plecat în exil, la Viena, apoi la Paris, unde îşi manifestă interesul de a lucra în continuare în interesul ţării pentru aducerea unui principe străin, aşa cum făgăduise şi să nu se lase dominat de sentimentul de răzbunare pe care i-l provocase actul abdicării forţate de la 11 februarie 1866. Deşi Cuza a dorit întotdeauna să revină în ţară, principele Carol a considerat că nu este oportun din cauza situaţiei politice din cel moment.
Ulterior Cuza este răpus de boală şi se mută la Florenţa, însă moare la Heidelberg unde plecase la tratament, la 15 mai 1873, la vârsta de 53 de ani.
Este înmormântat iniţial la Biserica Domnească de lângă Palatul de la Ruginoasa, conform dorinţei sale, iar după Al Doilea Război Mondial, osemintele sale au fost mutate la Biserica Trei Ierarhi din Iaşi.